De NVMO kent binnen de vereniging verschillende werkgroepen. De werkgroepen staan open voor de leden van de vereniging. Op de Algemene Ledenvergadering van 13 november 2009 is een stuk aangenomen dat de voorwaarden voor subsidiëring van werkgroepen en mogelijke commerciële belangen van leden beschrijft.


Momenteel zijn er 15 werkgroepen
> Communicatie onderwijs
> Diversiteit
> Docentprofessionalisering
> E-learning
> InterProfessionele Educatie
> Kwaliteitszorg
> Medische vervolgopleidingen
> Onderzoek van onderwijs
> Praktijk van het medisch onderwijs
> Professioneel gedrag
> Selectie
> Simulatie en gestandaardiseerde patiënten
> Skills en simulatietechnieken
> Toetsing
> Wetenschappelijke vorming